El juego comienza justo al final de los hechos ocurridos en Mortal Kombat X. Raiden ha absorbido la energía que Shinnok indujo en la fuente del Jinsei, adquiriendo una personalidad autoritaria y despiadada, afirmando que no mostrará clemencia con aquellos que amenacen la paz del Reino de la Tierra. Raiden tortura y decapita al dios caído Shinnok, mientras tanto, una misteriosa figura observa los eventos desde las sombras.